含400种差异物种及24种肠道微生物“暗物种”

肠道微生物与宿主健康和生长发育密切相关。微生物所供图

近日，中科院微生物所研究员刘双江团队构建了包罗400个差异物种的健康人群肠道微生物菌株资源库（hGMB），相关结果发表于《微生物组》期刊。

越来越多的证据表明，肠道微生物与宿主健康和生长发育密切相关。目前，仅有不足半数的肠道微生物物种，乐成地在实验室获得纯培养和命名。肠道微生物菌株资源的匮乏，极大的限制了肠道微生物的应用与研究。

此次他与团队构建的hGMB包罗400个差异的物种，其中有102个物种为首次疏散、培养和鉴定，1170株代表性菌株生存在中国普通微生物菌种收藏中心，已经向科研界和工业界提供了数次菌株服务，支持肠道微生物功效开发和微生物-宿主互作的研究。为了充实发挥和挖掘菌株资源的价值，该资源库物种信息已在网站（hgmb.nmdc.cn）宣布。

据介绍，hGMB的构建历时两年，研究团队从239例来自差异地域和差异年龄的体检健康人群的新鲜粪便样品中挑取凌驾2万个单克隆，扩大培养后从中鉴定出凌驾1万个纯培养疏散株。通过对健康人肠道宏基因组分析，发现该菌株资源库中的85个新物种泛起在凌驾90%健康人肠道中，同时笼罩79%人肠道已知常见属和75%常见物种。

与目前最大的人肠道基因组数据库（UHGG）对比，hGMB孝敬了24个在肠道免培养组学研究中未被探测到却普遍存在的“暗物种”。

作者体现，鉴于肠道微生物菌株资源库的建设是开发利用肠道微生物的基础，是认知宿主—微生物互作机制中至关重要的一环，构建中华肠道微生物资源库具有久远的战略意义和经济社会价值。

去年，该团队还发表了迄今为止最大的模式动物小鼠肠道微生物资源库（mGMB），包罗126种微生物及其基因组，其中77种微生物是首次乐成疏散培养的新物种，使得可培养的小鼠肠道微生物菌株资源从48个属增加到110个属、从76种增加到180种，且在此过程中形成了一套厌氧微生物疏散培养与物种鉴定描述的最简尺度化流程。

相关论文信息：https://doi.org/10.1186/s40168-021-01064-3